گفتنی است به دنبال همراهی بنی صدر با منافقین و دشمنان ایران، امام راحل در ۲۰ خرداد ۱۳۶۰ او را از فرماندهی کل نیروهای مسلح عزل کرد، با این حال سه روز بعد طی یک سخنرانی خطاب به وی عنوان کردند: حالا هم دیر نشده... آن آقا هم بروند عذرخواهى کنند از ملت؛ بگویند ملتى که به من رأى داد من مطابق رأى آنها عمل نکردم؛ از حالا به بعد مى‏کنم. ... الآن هم من نصیحت مى‏کنم... آقاى رئیس جمهور را، ... که آقا شماها دست بردارید از این سنگ‏اندازى جلوى چرخ اسلام، دست بردارید از این تضعیف مجلس و تضعیف روحانیت و تضعیف ملت و تضعیف روحیه ملت و تضعیف روحیه ارتش.

بنی صدر هرگز ابراز پشیمانی نکرد تا اینکه سرانجام در تاریخ ۱ تیر ۱۳۶۰ و در پی اعلام نظر مجلس ـ که طی روزهای ۳۰ و ۳۱ خرداد که بر عدم کفایت سیاسی رئیس‌جمهور رأی داده بودند ـ امام، بنی‌صدر را از سمت ریاست جمهوری عزل کردند.