استخراج غیرقانونی طلا در آمازون به یک معضل تبدیل شده است. با اینکه هر ازگاهی شماری از جویندگان غیرقانونی طلا در این منطقه توسط نیروهای امنیتی برزیل و پرو دستگیر می‌شوند اما ظاهرا نیروهای امنیتی در مقابله با این معضل ناتوانند. وجود ذخایر مهم طلا در آمازون باعث شده قاچاقچیان بصورت غیرقانونی اقدام به استخراج این معادن کرده و بومیان را در معرض تهدید قرار دهند. استخراج طلا از معادن آمازون باعث مسمومیت شماری از بومیان با جیوه شده است. آلودگی جیوه بسیار خطرناک بوده و حتی می تواند مرگبار باشد.
