زندگی نامه منتشرنشده‌ای از رهبر انقلاب
يکشنبه ۲۵ اسفند ۱۳۹۲ ساعت ۱۵:۲۱
کد مطلب: 350285
(از ۲۹ فروردین ۱۳۱۸/ ۲۸ صفر ۱۹/۱۳۵۸ آوریل ۱۹۳۹)، فرزند آیت الله سیدجواد، و دومین رهبر انقلاب اسلامی ایران.
وی در خانواده‌ای روحانی در مشهد زاده شد. جد اعلای او سیدمحمد حسینی تفرشی نسب به سادات افطسی می‌رساند.
شجره وی به سلطان‌العلماء احمد، معروف به سلطان سیداحمد می‌رسد که با ۵ واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)، است.
جدش سیدحسین خامنه‌ای (ح ۱۲۵۹- ۲۰ ربیع‌الآخر ۱۳۲۵ ق) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد استادان بزرگی چون سیدحسین کوه کمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی دانش آموخت و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزه علمیه نجت، در زمره فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت.
او در ۱۳۱۶ ق به تبریز آمد (آقابزرگ، ۶۴۰/۲) و مدرس مدرسه طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد (گلشن...، ۹۷۱/۲).
سیدحسین دارای افکار بلند سیاسی و اجتماعی، و از علمای طرفدار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق می‌کرد (آرشیو مرکز اسناد...، شم ۱۲۲۵).
برخی از آثار علمی وی از جمله حاشیه بر کتاب‌های ریاض‌المسائل، قوانین‌الاصول، مکاسب شیخ انصاری، فوائدالاصول و شرح لمعه وقف کتابخانه حسینیه شوشتری نجف شد (آقابزرگ، همانجا).
شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود (کسروی، ۹۲).
سیدمحمد خامنه‌ای (۱۲۹۳ ق، نجف- شعبان ۱۳۵۳، نجف) مشهور به پیغمبر (بهبودی، ۱۲)، عموی آیتالله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرفدار مشروطه به شمار می‌رفت (آقابزرگ، ۶، مقدمه، ۱۳).
پدر آیتالله خامنه‌ای سیدجواد خامنه‌ای (۲۰ جمادی‌الآخر ۱۳۱۳، نجف/۱۶ آذر ۱۲۷۴، ۱۴تیر ۱۳۶۵) از علما و مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده‌اش به تبریز آمد.
پس از اتمام دوره سطح، در حدود سال ۱۳۳۶ ق به مشهد مهاجرت کرد (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و در فقه و اصول از محضر بزرگانی همچون حاج آقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (کفائی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهره‌مند گردید (شریف، ۱۲۷/۷-۱۲۹؛ زنگنه۱۳۲/۱).
سپس در ۱۳۴۵ ق به نجف رفت و از حوزه درس میرزا محمدحسین نائینی، سیدابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی کسب فیض کرد و از ۳ نفر یاد شده اجازه اجتهاد گرفت (شریف، ۱۲۷/۷؛ آرشیو مرکز اسناد، همانجا).
او در پی تصمیم بازگشت به ایران، راهی مشهد شد و در آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیهای بازار مشهد (مسجد آذربایجانیها) را عهده‌دار گردید. (بهبودی، ۱۵)
او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود (زنگنه، ۷۷. ۱). وی علاقه زیادی به مطالعه داشت. مباحثات علمی روزانه وی با هم‌ردیفان از جمله حاج میرزا حسین عبایی، حاج سید علی‌اکبر خویی، حاج میرزا حبیب ملکی و... ده‌ها سال ادامه داشت.
همچنین وی فردی پرهیزگار و بی‌توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت (گلشن، همانجا). پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانه خود ادامه داد.
به دلیل بهره‌مندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. او در ۱۴ تیر ۱۳۶۵ درگذشت و در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاک سپرده شد (زنگنه، همانجا).
امام خمینی (ره) در پیام تسلیتی به آیتالله خامنه‌ای به مناسبت فوت پدرش، آیتالله سیدجواد خامنه‌ای را عالمی باتقوا و متعهد برشمرد (صحیفه...، ۷۱/۲۰).
بانو میردامادی (۱۲۹۳-۱۳۶۸ش)، مادر آیت الله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آمر به معروف و ناهی از منکر، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود.
او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی بسیار صبور و با فرزندان مبارزش، به ویژه آیتالله خامنه‌ای همگام بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ۱۲۲۶).
آیتالله سیدهاشم نجف‌آبادی (میردامادی) (۱۳۰۳-۱۳۸۰ ق)، جد مادری آیتالله خامنه‌ای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوند خراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمه جماعت مسجد گوهرشاد بود (آقابزرگ، ۵۵۹/۲) و در عین حال به امر به معروف و نهی از منکر اهتمام ویژه‌ای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دوره رضاشاه، به سمنان تبعید شد (تاریخ علما...، ۳۰۸؛ قاسم‌پور، ۶۰) .
آیتالله خامنه‌ای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (ع) نسب می‌رساند (زنگنه، ۴۵۸/۱).
ب- شخصیت علمی و فرهنگی
۱. تحصیل و تدریس:
سیدعلی خامنه‌ای تحصیل را در چهارسالگی از مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن‌کریم شروع کرد.
دوره دبستان را در نخستین مدرسه اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۵).
در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان مشهد شروع کرد (بهبودی، ۴۹).
همزمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز نمود.
شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دوره دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را درمدرسه سلیمان خان ادامه دهد.
وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسه نواب رفت و دوره سطح را در آن به پایان برد. همزان با تحصیلات حوزوی دوره دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۶).
وی معالم‌الاصول را نزد آیتالله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا محمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت.
در ۱۳۳۴ ش، در درس خارج فقه آیتالله سیدمحمد هادی میلانی حاضر شد. وی در ۱۳۳۶ ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف رفت و در دروس مدرسان بنام حوزه علمیه نجف، از جمله آیات سیدمحسن حکیم، سیدابوالقاسم خویی، سیدمحمود شاهرودی، میرزا باقرزنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و یک سال دیگر در درس آیتالله میلانی حاضر شد. سپس در ۱۳۳۷ ش به شوق ادامه تحصیل عازم حوزه علمیه قم گردید (بهبودی، ۷۸). در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیتالله محمدهادی میلانی به وی اجازه روایت داده بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۳۲).
سیدعلی خامنه‌ای در قم نزد بزرگانی چون آیات حاج آقا حسین بروجردی، امام‌خمینی، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه‌طباطبایی علم آموخت (همان، شمـ ۱۲۲۷).
در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند. آیتالله خامنه‌ای در سال ۱۳۴۳ ش به دلیل عارضه بینایی پدر و برای کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیتالله میلانی حضور یافت که تا ۱۳۴۹ ش ادامه داشت.
او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت.
در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به ویژه دانشجویان حضور پیدا می‌کردند. (همان، شمـ ۱۲۲۸). او در جلسات تفسیر خود، مهم‌ترین پایه‌های فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان می‌نمود و به تعمیق بنیان‌های اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت می‌پرداخت به صورتی که شرکت کننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی می‌رسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد.
یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود. از ۱۳۴۷ ش درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا ۱۳۵۶ ش و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت (خامنه‌ای، جم).
جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست‌جمهوری و پس از آن ادامه داشت. آیتالله خامنه‌ای از ۱۳۶۹ ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص و مکاسب محرمه پرداخته است. این درس هم‌اکنون نیز ادامه دارد.
آیتالله خامنه‌ای دستی در ادبیات دارد و با سبک‌های ادبی آشناست و نثر وی دارای سبک است و از دوران کودکی تاکنون به مطالعه رمان و داستان علاقه‌مند بوده و بسیاری از رمان‌ها و داستان‌های معتبر دنیا را مطالعه کرده است.
این علاقه با مطالعه رمان‌ها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد.
او حتی به نقد کتاب‌های ادبی و شعر هم می‌پردازد. آیتالله خامنه‌ای با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود. در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمن‌های ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل می‌شد، شرکت می‌کرد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۷) و به نقد شعر می‌پرداخت.
خود نیز اشعاری سروده و در سالهای اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعه کتب معتبر تاریخی بخش دیگری از برنامه مطالعاتی دائمی ایشان است، به طوری که به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند (تداوم...، ۲۱).
۲. آثار:
آیتالله خامنه‌ای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرد و تقریرات دروس استادان خود را نگاشت (آرشیو مرکز اسناد، شمـ۱۲۲۸) و به ترجمه چند اثر نیز همت گماشت.
در دوران قبل از پیروزی انقلاب اسلامی، این کتاب‌ها را تألیف کرد:
۱. چهار کتاب اصلی علم رجال
۲. طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن
۳. پیشوای صادق
۴. از ژرفای نماز
۵. صبر
۶. روح توحید نفی عبودیت غیرخدا
۷. گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه قم
در همان دوره این کتاب‌ها را نیز پس از افزودن تحقیقات خود به آنها، ترجمه و منتشر کرد:
۱. آینده در قلمرو اسلام، نوشته سید قطب
۲. صلح امام حسن (ع): پرشکوه‌ترین نرمش قهرمانانه تاریخ، نوشته شیخ راضی آل‌یاسین
۳. تفسیر فی ظلال القرآن، نوشته سید قطب
۴. مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشته عبدالمنعم النمر
۵. ادعانامه علیه تمدن غرب.
افزون بر اینها، بسیاری از آراء و اندیشه‌های آیت الله خامنه‌ای که در گفتار‌ها و نوشتارهای ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه و مصاحبه منعکس شده است، به صورت کتاب و نرم‌افزار با عناوین گوناگون و به صورت موضوعی منتشر گردیده و برخی از آنها نیز به زبان‌های دیگر ترجمه شده است.
همچنین پایان‌نامه‌ها، رساله‌ها، مقالات و کتاب‌های گوناگونی ناظر به افکار و اندیشه‌های ایشان تألیف و تدوین شده است؛ نیز بخشی از مجموعه بیانات و مکتوبات ایشان در دوره رهبری با عنوان حدیث ولایت منتشر گردیده است.
ج- حیات سیاسی و اجتماعی:
پیشینه فعالیت‌های سیاسی- مذهبی خاندان آیتالله خامنه‌ای، در او زمینه تربیتی برای مبارزه سیاسی- مذهبی فراهم آورده بود.
نقطه آغازین ورود به فعالیت‌های سیاسی، دیدار او با سید مجتبی نواب‌صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقه‌های انقلابی را در وی پدید آورد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۶).
نخستین دیدار وی با امام‌خمینی در ۱۳۳۶ ش صورت گرفت، اما چهره سیاسی امام‌خمینی برای اولین بار در جریان لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد (همان، شمـ ۱۲۲۸).
آیتالله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام‌خمینی در ۱۳۴۱ ش وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد و جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره قبل از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ آغاز کرد (همان، شمـ ۱۱۹).
در بهمن ۱۳۴۱ پس از همه‌پرسی لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، آیتالله خامنه‌ای و برادرش سیدمحمد مأمور رساندن گزارش آیتالله محمدهادی میلانی به امام‌خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه‌پرسی شدند (جلالی، ۱۴۸).
در ۱۳۴۲ش و در آستانه ماه محرم، امام‌خمینی وی را مأمور ساخت پیام‌هایی را به آیتالله میلانی و علما، روحانیون و هیئت‌های مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه‌سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ ۱۲۲۹-۱۲۳۱).
امام‌خمینی در این پیام‌ها خط مشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعه مدرسه فیضیه را روز هفتم محرم در منابر خوانده شود (باقری، ۱۳۱۲).
آیتالله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط مشی امام‌خمینی راهی بیرجند- که تحت نفوذ خاندان علم بود- شد و در منابر و مجالس آن شهر درباره حادثه مدرسه فیضیه و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد (بهبودی، ۱۲۹-۱۳۴).
به دنبال این سخنرانی‌ها، وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ ش/۷محرم ۱۳۸۳ ق دستگیر و در مشهد زندانی شد (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ ۶۱۴، ۱۲۳۱-۱۲۳۲).
پس از آزادی وی، آیتالله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد (همان، شمـ ۱۲۳۳) و آیتالله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیتالله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام‌خمینی- که در حصر به سر می‌برد- تشکیل می‌شد، فعالیت‌های سیاسی‌اش را تداوم بخشید (جلالی، ۲۰۵).
اندکی پس از آن به حوزه علمیه قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی از روحانیون مبارز به سازماندهی مجدد فعالیت‌های سیاسی از طریق برگزری جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت (بهبودی، ۱۵۶-۱۵۷).
او از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به آیتالله سیدمحمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی که در حمایت از امام‌خمینی زندانی شده بودند، فرستاد (یاران امام...، طالقانی، ۱/۴۶۸).
در همان زمان طلاب خراسانی حوزه علمیه قم با هدایت او، در اعتراض به ادامه حصر امام‌خمینی نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت نوشته و منتشر کردند که از جمله آنها خود وی و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند. (امام...، ۳۹۲/۴)
آیتالله خامنه‌ای در بهمن ۱۳۴۲ مقارن با رمضان ۱۳۸۰ برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد (بهبودی، ۱۶۲-۱۶۶).
سخنرانیهای او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را برآن داشت که او را دستگیر و به زندان قزل‌قلعه- که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود- منتقل نماید. (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ ۱۲۳۴).
در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ قرار بازداشت آیتالله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه قضایی تهران تبدیل و وی از زندان آزاد شد (بهبودی، ۱۸۷).
از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیت‌های وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
آیتالله خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ ش از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیت‌های علمی و سیاسی پرداخت (همان، ۱۹۲-۱۹۵) .
او در زمره روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام‌خمینی به ترکیه با نگارش نامه‌ای به دولت وقت- دولت امیرعباس هویدا- در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام‌خمینی اعتراض کردند (اسناد انقلاب، ۱۲۸/۳-۱۳۰).
وی به همراه کسانی چون عبدالرحیم ربانی شیرازی، محمد حسینی بهشتی، علی فیض مشکینی، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی‌رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی (هاشمی، دوران...، ۱۵۶۶/۲).
اعضای "گروه یازده نفر" بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه علمیه قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت.
مبارزه بر منبای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن می‌شد و روحانیون نیز به منزله بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که با نبود تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود.
این گروه در دوران تبعید امام‌خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به عنوان اولین تشکیلات سری حوزه علمیه قم یاد می‌شود.
فعالیت این گروه در اواخر سال ۱۳۴۵ ش توسط ساواک کشف شد و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر از جمله آیتالله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند (یاران امام، قدوسی، ۸۶-۸۷؛ همان، ربانی، ۶۰-۶۹).
آیتالله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است (آینده در...، سراسر اثر).
ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد، اما موفق به دستگیری و بازداشت آیتالله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد (بهبودی، ۲۳۵-۲۳۸).
آیتالله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود، اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضدرژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد.
در مسجد امیرالمومنین تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت. در پی دستگیری و تبعید آیتالله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضدرژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیتالله خامنه‌ای از آیتالله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند (یاران امام، میلانی، ۵/۳-۷).
این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه آیتالله شیخ مجتبی قزوینی وی را دستگیر کنند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۶۱۴) و او در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد (همان، شمـ ۵۷۴). اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. (بازرگان، ۴۲۲-۴۲۳).
آیتالله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزان در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به آنان و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزان و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصا بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادی گرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام‌خمینی پرداخت و به رغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت.
نگاه چند بعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام‌خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت وی بوده است.
در پی وقوع زمین لرزه ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیتالله خامنه‌ای با هدف امداد و ساماندهی کمک‌های مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند.
این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبرو شد، اما گروه امداد اقدامات موثری در کمک‌رسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دو ماهه آیت الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئت‌های مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند.
این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۶۱۴).
او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام‌خمینی (ره) اقدام کرد، اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود (بهبودی، ۳۰۴).
آیتالله خامنه‌ای به اتهام عضویت در "گروه یازده نفر" به ۶ ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه کیهان و احضار آیتالله خامنه‌ای به دادگاه تجدیدنظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری کرد (یاران امام، هاشمی‌نژاد، ۲۴۸-۲۴۹).
او با آنکه تحت پیگرد بود، با برخی از روحانیون مبارز از جمله سیدمحمود طالقانی، سید محمدرضاسعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی‌رفسنجانی و فضل‌الله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت (یاران امام، سعیدی، ۲۴۸؛ همان، طالقانی،۴۹۷/۲؛همان، مهدوی، ۱۴؛ همان، محلاتی،۵۲۱/۱؛ همان، باهنر، ۳۵۵).
او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام می‌کرد (همان، سعیدی، ۳۶۳؛ همان، مهدوی، ۱۱۴).
آیتالله خامنه‌ای با نگاه اعتقادی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم بر آن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد.
او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای قشرهای مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی- اعتقادی آنان را تقویت نماید.
او معتقد بود که تحقق آرمان‌های اسلامی در بستری از کوشش‌های فرهنگی ممکن است و خیزش‌های مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد.
در آن دوران جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاه‌ها تلقی می‌شد. او این رویکرد را در واکنش به فعالیت‌های جریان‌های سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی ضروری می‌دانست.
در این زمینه فعالیت‌های علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفرکان اسلامی در ۱۳۴۸ ش برگزار کرد (بهبودی، ۳۲۶-۳۲۷).
آیتالله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانون‌های روشنفکری مشهور در عرصه مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت.
وی در ۱۳۴۸ ش به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانی‌هایی در برخی مراکز فعال سیاسی اسلامی در تهران از جمله حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد. (همان، ۳۳۱-۳۳۲، ۴۷۰-۴۷۱)
سخنرانیهای وی در حسینیه ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ ش و به دنبال دعوت آیتالله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجود الجواد تهران به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت (جودکی، ۲۳؛ یاران امام، هاشمی‌نژاد، ۳۰۶-۳۰۷).
آیتالله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ ش در جهت عمق بخشیدن به نهضت اسلامی و تقویت بن مایه‌های اعتقادی مبارزه با رژیم پهلوی سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سیدمحمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله جلسات به تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید (فارسی، ۲۱۵).
با درگذشت آیتالله سیدمحسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیتالله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیتالله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیتالله حکیم و ارسال پیام‌های تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام‌خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد.
در همان ایام و به دنبال شهادت آیتالله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین مرجعیت امام‌خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنش‌های مردمی در اعترض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد.
بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام‌خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۳۰-۱۸۳؛ یاران امام، سعیدی، ۳۲. ۱).
به دنبال آن و با گسترش دامنه اعتراضات و مبارزات (همان، میلانی، ۴۲۳. ۳-۴۲۴) ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ وی را دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان- تنها زندان امنیتی مشهد- بازداشت کرد (تقویم...، ۲۲۵).
در محرم ۱۳۹۱/اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیتالله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود، وی سخنرانی‌هایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد. (یاران امام، باهنر، ۵۲۰-۵۲۱، هاشمی، دوران، ۱۱۳۴. ۲-۱۱۳۵)
در پی تحریم جشن‌های ۲۵۰۰ ساله از سوی امام‌خمینی (صحیفه، ۳۵۸. ۲-۳۷۳) ساواک مراقبت‌های شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت.
بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد (آرشیو مرکز اسناد، ۱۲۳، ۶۱۴).
او پس از آزادی، فعالیت‌های خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید و دیگری در ۲۱ آذر که به اتهام اقدام بر ضدامنیت داخلی به ۳ ماه حبس محکوم گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۶۱۴).
وی پس از آزادی فعالیت‌های سیاسی و اجتماعی خود را گسترش داد و بار‌ها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانی‌هایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد.
جلسات درس و تفسیر او در مدرسه میرزا جعفر و مسجد امام حسن و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت.
مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروه‌هایی از قشرهای مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعد‌ها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند.
گزارش‌های جلسات سخنرانی و درس او بار‌ها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیتالله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام‌خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند (استاد...، ۲۱۸، ایران امام، میلانی، ۵۹۰. ۳).
آیتالله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله جلسات درس اصول عقاید را که هفته‌ای یک بار در روزهای سه شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۲، ۶۱۴).
در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیر وی در مسجد امام حسن و منزلش را تعطیل کرد (همان، شمـ ۵۷۲، ۵۷۳ و ۶۱۴).
آیتالله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه نمازجماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یاد شده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جواب تبدیل کرد (همان، شمـ ۶۱۴).
ساواک مشهد در واکنش به فعالیت‌های سیاسی گسترده او، او را از اقامه نمازجماعت در آن مسجد باز داشت (یاران امام، مطهری، ۴۵۵؛ آرشیو مرکز اسناد شمـ۵۷۳).
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیتالله محمد مفتح، امام‌جماعت مسجد جاوید تهران که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخرانی پرداخت.
در پی آن ساواک به دستگیری آیتالله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانون‌های مهم مبارزه اقدام کرد (نیکبخت، ۴۰۸).
به دنبال آن منزل آیتالله خامنه‌ای هم در آذرماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره ضرورت ایجاد جمعیتی برای ساماندهی مبارزه و استفاده از فرصت‌ها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۳).
در نهایت آیتالله خامنه‌ای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید (همان، شمـ ۵۲۷، ۵۷۴، ۶۱۴) و به گفته خود، دشوار‌ترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد.
او در حبس، اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود (همان، شمـ ۵۷۵).
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه نمازجماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود (همان، شمـ ۳۰۴، ۳۸۹، ۵۷۵)، اما او به رغم همه محدودیت‌های سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیت‌ها و اقدامات روشنگرانه انقلابی خود را به صورت مخفیانه پی گرفت و پرداخت شهریه امام‌خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد. (همان، شمـ ۵۷۲، ۵۷۶)
در اواخر سال ۱۳۵۴ ش مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد.
او در خرداد ۱۳۵۵ به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمک‌رسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه عوضیه آن شهر به امدادرسانی پرداختند. (همان، شمـ ۳۸۹).
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره فعالیت‌های سیاسی آیتالله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ ش در مشهد وجود دارد که به طرفداری از امام‌خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداختند.
آیتالله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/ دی ۱۳۵۵ سخنرانی‌هایی بر ضدرژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله جلسات مباحثه درباره تبیین فضای فکری- فرهنگی، به ویژه برای دانشجویان و جوانان (گفت‌وگوی چهارجانبه، سراسر اثر) و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید (یاران امام، مفتح، ۳۴۰؛ استاد، ۲۷۷).
از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی بر ضد او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۸۳). به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیتالله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم تحریم وی حضور یافت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۳۸۹، ۵۷۲).
به دنبال درگذشت آیتالله سیدمصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف، آیتالله خامنه‌ای و برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کردند (همانجا.)
در همان ایام نیز همراه با عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره نمودند (امام، ۵۲. ۶) با درگذشت آیت الله سیدمصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله نهایی خود شد و حرکت‌های جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیت‌ها، به رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیت‌های مبارزان را محدود‌تر کرد به دنبال اجرای این سیاست برخی از مبارزان را محدود‌تر کرد به دنبال اجرای انی سیاست، برخی از مبارزان سر‌شناس به تبعید محکوم شدند که آیت الله خامنه‌ای هم در زمره آنان بود او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به ۳ سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ۵۷۶) و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ به منزلش یورش برده و او را دستگیر کرند و به ایرانشهر انتقال دادند.
هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری بر ضد حکومت بود (انقلاب، ۲۶۳. ۱؛ یاران امام، مطهری، ۵۷۵) اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردن ایرانشهر یافت و با بهره گیری از این فرصت‌ها پیام انقلاب را به مردم دور‌ترین نقاط کشور رساند (انقلاب، ۳۲۶. ۲، ۵۱. ۱۰) سخنرانیهای او در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و قشرهای مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیت‌های او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به عمل آورند. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۶؛ اسناد نهضت...، ۲۳۴. ۹-۲۳۵).
او در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیت الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه مبارزه، یاد شهدای آن حدثه را گرامی داشت (یاران امام، صدوقی، ۱۲۸-۱۳۱) این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۶).
وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر ۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیت الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمک‌های مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب، و در بین سیل زده‌ها تقسیم کند (همانجا).
آیت الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای ترازا ول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخداد‌ها قرار می‌گرفت و با نامه نگاری‌های گوناگون در بسیاری از تصمیم گیری‌های جمعی علما مشارکت می‌کرد.
با اوج گیری انقلاب اسلامی در آستانه ماه رمضان (در ۲۸ شعبان ۱۳۹۸ق/۲۸ تیر ۱۳۵۷ش). شماری از طلاب حوزه علمیه مشهد به اداه تبعید آیت الله خامنه‌ای اعتراض کردند و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند. که به دخالت مأموران انتظامی انجامید.
گسترش فعالیت‌های انقلابی و مردمی آیت الله خامنه‌ای در راستای جهت دهی و سامان دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روز افزون وی در میان قشرهای مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه باایرانشهر دورافتاده‌تر و دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. از این رو، وی در ۲۲ مرداد به جیرفت انتقال یافت (همان، شمـ ۱۰۲) مبارزات سیاسی آیت الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری بر ضد حکومت پهلوی پرداخت یکی از سخنرانی‌ها، که در ۱۵ شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد (همان، شمـ۱۱۱).
این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامه‌ای به آیت الله سید عبدالحسین دستغیب ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه کردند (اسناد انقلاب، ۳۴۸. ۳-۳۵۷) وی در این دوره مخفیانه عازم کهنوج شد وسخنرانی‌های افشاگرانه‌ای ایراد کرد (آرشیو موسسه،... شمـ ۱۸۸۹).
با گسترش مبارزات مردمی و از هم گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت الله خامنه‌ای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیت‌های خود را در امر سامان دهی امور انقلاب و تشدید روند مابرزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۶) در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارزه مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه مبارزه صادر کنند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند (اسناد انقلاب، ۴۰۲. ۳؛ آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۲۰۹).
فعالیت‌های مبارزاتی آیت الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان دهی حرکت‌ها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد (انقلاب، ۱۹۲. ۱۴، ۴۷۲) در عین حال، با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیت الله صدقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت الله خامنه‌ای را اعلام کرد (امام، ۶۰۳. ۷؛ یاران امام، صدوقی، ۴۳۱)
آیت الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعد آباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی وتشکیل حکومت اسلامی شد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۳۸۹-۵۷۲) او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستان‌های قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهر‌ها همت گماشت.
فعالیت‌های روز افزون و تأثیرگذار آیت الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند در گزارش‌های ساواک از آیت الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده است (همان، شمـ ۳۸۹).
وی در ۱۹ و ۲۰ آذر ۱۳۵۷ هم زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه شب عاشورا را در حرم مطهر امام رضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلاب تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا می‌کرد، در هم شکست (همان، شمـ ۵۷۲؛ آرشیو موسسه، شمـ ۱۹۲۱) همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را ساماندهی کرد.و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت (روزشمار...، ۳۳۹. ۸، ۳۵۲). وی در شمار روحانیونی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله مأموران رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضای کنونی) برنامه تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد (انقلاب، ۳۳. ۲۰).
در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند (شمس آبادی، ۳۱۵-۳۱۶). متحصنین با صدور اعلامه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند (اسناد انقلاب، ۴۹۲. ۳-۴۹۳) و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گسترده‌ای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد. (انقلاب، ۱۸۸. ۲۱، ۱۲۳-۱۲۴).
آیت الله خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما به رغم تلاش‌های مسالمت آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابان‌ها ریخته و برخی ساختمان‌ها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمع آیت الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل عام مردم تظاهرکننده فاجعه یکشنبه خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند (شمس آبادی، ۳۲۵-۳۲۸). به دنبال وقوع این حوادث، آیت الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند (روزشمار، ۲۱۶. ۱۰-۲۱۷).
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند (صحیفه، ۴۲۶. ۵-۴۲۸). آیت الله خامنه‌ای که از سوی اما مبه عضویت آن شورا انتخاب شده بود، با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک کرد و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه ریزی برای اینده، نقش فعالی برعهده گرفت (او به تنهایی...، ۶۳؛ حدیث...، ۴۰. ۲). پس از تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی (قاسم‌پور، ۹۲-۹۴) مسئولیت کمیته تبلیغات آن را عهده دار شد. به دنبال بسته شدن فرودگاه‌های کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت الله خامنه‌ای به همراه آیت الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سر‌شناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت (هاشمی، انقلاب و....، ۱۶۱-۱۶۲، اطلاعات، شمـ ۵۷۷۱، ۱۳۵۷. ۱۱. ۰۹).
شب قبل از آغاز تحصن، آیت الله بهشتی در بهشت زهرا سخنرانی کرد و آیت الله خامنه‌ای قطعنامه‌ای را که خود تهیه کرده بود، برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت. آیت الله خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل ستادی با مشارکت برخی از مبارزان متحصن به اقدامتی دست زدند که عمده‌ترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام تحصن بود (مصاحبه‌ها...، (۱۳۶۲۰۱۳۶۳)، ۱۸۲-۱۸۳). متحصنان در روز ۸ بهمن با صدور اعلامیه‌ای تأکید کردند تا باز شدن فرودگاه‌ها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد (اسناد انقلاب، ۷۱۴. ۴) این تحصن که تا صبح روز ۱۲ بهمن ادامه یافت (پا به پای...، ۱۹۵. ۲)، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.
در لحظه تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت الله خامنه‌ای، که در اشتیاق دیدار امام لحظه شماری می‌کرد به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه فجر انقلاب اسلامی، آیت الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولین کمیته تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت طلبی‌های احزاب و گروه‌های گوناگون سیاسی، تنظیم و انتظار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام امام را برعهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد (قصه...، ۹۵).
II. دهه اول انقلاب اسلامی (بهمن ۱۳۵۷-خرداد۱۳۶۸)
الف- شورای انقلاب
یکی از نخستین عرصه‌های نقش آفرینی آیت الله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر ۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به تدریج انتخاب شدند، اما به سبب رعایت ملاحظات مختلف به صورت رسمی در آستانه پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید (صحیفه، ۴۲۶. ۵-۴۲۸). نخستین اعضای شورا مرتضی مطهری، سیدمحمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سید علی خامنه‌ای و محمد جواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت ان درامدند (خاطرات آیت الله، ۱۸۳). آیت الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد (پا به پای، ۱۹۲. ۲) شورا در این مقطع، تصمیم گیری‌های مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت از جمله آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی بود (قاسم‌پور، ۹۲-۹۴) اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود (هاشمی، انقلاب و...، ۱۶۹).
پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانون گذاری در غیاب قوه مقننه، انجام دادن بخشی از وظایف قوه مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام دادن همه وظایف آن پس از استعفای دولت موقت در ۱۴ آبان ۱۳۵۸. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحران‌های پیش روی نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود (سائلی، ۱۱). به رغم تغییر چندین باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیت الله خامنه‌ای عضو ثابت آن باقی ماند (همان، ۴۹۰۶۲) ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت دار اعضای موسوم به لیبرال شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروه‌های مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود (خلاصه، جلسه‌های مختلف) او معتقد وبد که در شورای انقلاب باید از قشرهای گوناگون جامعه نماینده‌ای حضور داشته باشد (همان، جلسه ۱۳۵۷. ۱۲. ۱۰) مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی درشورای انقلاب بود.
او براین عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده است و باید آن را از راه‌های مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود (همان، جلسه‌های ۱۳۵۷. ۱۲. ۲۹؛ ۱۳۵۸. ۰۶. ۰۴؛ ۱۳۵۸. ۰۷. ۱۵؛ ۱۳۵۸. ۰۹. ۰۲) در مورد منطقه سیستان و بلوچستان نیز براساس تجربه حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت (همان جلسه‌های ۱۳۵۸. ۰۱. ۱۵؛ ۱۳۵۸. ۰۰۱. ۱۹؛ ۱۳۵۸. ۰۶. ۱۱؛ ۱۳۵۸. ۰۸. ۱۲؛ ۱۳۵۸. ۰۶. ۱۰ و ۱۳۵۸. ۱۰. ۰۸) در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیئتی عازم آن منطقه شود تا به خواست‌ها و مشکلات مردم رسیدگی، و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند (صحیفه، ۴۲۰. ۶). در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی دیدار، و سیاست‌های نظام جمهوری اسلامی را برای آنان تشریح و تبیین کرد.
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود (خلاصه، جلسه‌های ۱۳۵۸. ۰۴. ۱۰، ۱۳۵۸. ۰۶. ۱۴، ۱۳۵۸. ۰۹. ۰۴).
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی ان شورا به برخی از وزارت خانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید در این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود (دولت‌ها...، ۴۵۷، ۴۵۹). همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه مجریه صورت گرفت وی به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولین کلیه امور انتظامیف نظامیف و امنیتی، از جمله بحران‌های گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروه‌های ضد انقلاب را برعهده داشت، انتخاب گردید (سائلی، ۱۱۷۰۱۱۸).
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولین مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ اذر ۱۳۵۸ بود (خلاسه، جلسه ۱۳۵۸. ۰۹. ۰۳) وی قبل از این نیز به نمایندگان از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت می‌کرد علت انتخاب او به سپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماه‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاش‌های می‌انجی گرانه به نتیجه نرسیده بود (رسالت، شمـ ۹۹۷، ص۱۰) وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه پاسداران به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا کرد (هاشمی، انقلاب و، ۴۴۹).
ب- حزب جمهوری اسلامی
آیت الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، همزمان با حضور موثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره گذار (همان، ۱۲۵) به همراه سیدمحمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می‌کرد. (همان، ۲۱۵۰۲۱۸) این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسما اعلام موجودیت کرد، اما سابقه تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ برمی گردد که در ان برخی از مبارزان از جمله موسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی درصدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت برضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه اسلامی بودند (جاسبی، ۱۴۹. ۴).
بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماه‌های منتهی به پیروزی انقلاب نقش موثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانی‌ها برعهده داشت که فعالیت آیت الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود (جاسبی، ۱۴۶. ۴-۱۴۷) از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به این موارد اشاره کرد: پرکردن خلأ ناشی از قفدان تشکیلات منظم و روزامد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یک پارچگی و حضور مردم در صحنه، پی ریزی بنیان‌های اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش آفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاه‌های اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع گیری صریح و صادقانه در برابر ترفند‌ها و فریب‌های دشمنان داخلی و خارجی (کارنامه...، ۴۰۷). وی از تهیه کنندگان مرام نامه حزب بود. در تقسیم بندی وظایف اعضا نیز وظیفه تبلیغات حزب را برعهده گرفت (جاسبی، ۱۴۶. ۴).
آیت الله خامنه‌ای عضو موسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتار‌ها و جزوه‌هایی ارائه نمود او در تأسیس شعبه حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در ۲۶ اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.
پس از آیت الله بهشتی و دکتر باهنر-اولین و دومین دبیرکل حزب- آیت الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد (هاشمی، عبور...، ۲۶۳) در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود (همان، آرامش، ۲۶۷). آیت الله خامنه‌ای حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانست نخستین کنگره حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و آیت الله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیر کلی حزب و عضویت شورای مرکزی (خاطرات سیدمرتضی، ۱۶۸) و شورای داوری حزب (جاسبی، ۳۰۰. ۴) انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی تهران و شهرستان‌ها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین مأموریت‌ها و اهداف حزب، به پرسش‌های اعضای دفتر‌ها و شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد (جمهوری...، شمـ ۱۵۴۱، ص ۱۵، شمـ۱۵۴۳، ص۲).
وی همزمان با دوره دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را برعهده داشت در این دوره فعالیت‌های حزب به دلایل مختلف، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه خود را نداشت. از جمله آن دلیل‌ها می‌توان این موارد را یاد کرد: رفع بحران‌های سالهای اولیه انقلاب، تأسیس نهاد‌ها و سازمان‌های مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش موثری داشت. اشتغال شخصیت‌های محوری حزب از جمله آیت الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیان گذاران موثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح بندی‌ها در درون حزب (فراز و نشیب...، ۱۱). از این رو، آیت الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامه‌ای به امام خمینی و ذکر دلایل یاد شده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیت‌های آن شدند (جمهوری، شمـ ۲۳۲، ص۱). امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶با این درخواست موافقت کرد و متعاقب ان فعالیت‌های حزب تعطیل شد (صحیفه، ۲۷۵. ۲۰)
ج- امامت جمعه تهران
امام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند (همان، ۱۱۶. ۱۲) آیت الله خامنه‌ای نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کرد (در مکتب...، ۱. ۲-۳) از این تاریخ تا واقعه ۶ تیر ۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به وی سوءقصد شد و براثر آن به شدت مجروح گردید، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر می‌برد، نماز جمعه تهران را اقامه کرد (همان، ۲. جمـ، ۳/جمـ) پس از آن نیز همواره این سمت را برعهده داشت اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعدد دیگری نیز برگزار گردید (فرهنگ و...، ۳۱۱). وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم‌ترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده، و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب ان مسلمانان جهان اسلامی بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
د- در مجلس شورای اسلامی
آیت الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد (رضوی، ۳۸۴) و از حوزه انتخابیه تهران وارد مجلس گردید. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود. در مدت ریاست ایشان طرح‌ها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهم‌ترین آنها می‌توان تأمین نیازمندی‌های استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله کردستان، مسائل مرزی، مسئله بلوچستان و سازماندهی نوین ارتش را یاد کرد (آشنایی،...، ۹۰-۹۱). از موضع گیری‌های مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد (خلاصه، جلسه‌های ۱۶۶۰۱۶۸) با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه مقننه را ترک گفت.
هـ - دفاع مقدس
آیتالله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ فعالانه به ایفای نقش پرداخت. ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه کرد و از رادیو به اطلاع مردم رساند (خاطرات ماندگار، ۱۲). در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت و ان‌گاه که قرار شد یک نفر از ان‌ها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت الله خامنه‌ای بود. (همان، ۱۱).
در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه از امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت (اطلاعات، شمـ ۲۱۸۸۹، ص۹) تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و با سازمان دهی نیرو‌ها برای مقابله با دشمن کمک کند (جمهوری، شمـ ۳۸۷، ص۱) بر این اساس راهی جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن، در جبهه غرب حاضر شد حضور وی جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفر‌ها و سخنرانیهای لازم، مستمر بود (مصاحبه‌ها (۱۳۶۰)، ۷-۸). وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی ان شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیت‌های ایشان در صحنه نبرد بود.
بیشتر وقت وی در جبهه‌ها برای هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم- که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود- صرف می‌شد (امید...، شمـ ۱۴۷، ص ۸-۹) از اقدامات ویژه این ستاد که آیت الله خامنه‌ای مستقیما در آن نقش داشت، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، ابادان و سوسنگرد نقش موثری داشت و در تقویت نیروی نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود (خاطرات و حکایت‌ها، ۷. ۱۰-۲۰) از دیگر تلاش‌های وی ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود (کیهان، شمـ ۱۱۱۵۵، ص۴).
به فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده دار کلیه امور جنگ شد (صحیفه، ۲۶۳. ۱۳-۲۶۴) و آیت الله خامنه‌ای براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده وی در این شورا (همان، ۲۸۱. ۱۲) و نیز سخنگوی ان شد (جمهوری، شمـ ۴۰۹، ص ۶) در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود (بنی لوحی، ۱۷۲-۱۷۳) وی معمولا در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید (جمهوری، شمـ ۴۰۹، ص۶).
در عملیات شکستن حصر آبادان (از جنوب...، ۱۷۴؛ اطلاعات، شمـ ۱۹۱۵۳، ص۵) حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد، حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما بنی صدر به آن هشدار توجهی نکرد (مصاحبه‌ها (۱۳۶۰)، ۵۹) اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیت‌ها و سازمان‌های بین المللی و نیز برخی از کشور‌ها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند.
آیت الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل عقب نشینی به مرزهای بین المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمین‌های خود بیرون می‌کنیم همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بد‌تر از جنگ است (در مکتب، ۵۸. ۰۸. ۰۹) با وجود این، تردد هیئت‌های صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او برضد مردم ایران می‌شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام کمک می‌کرد، مفید می‌دانست (جمهوری، شمـ ۵۰۹، ص۲).
در دو دوره ریاست جمهوری آیت الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ ش تحولاتی در صحنه جنگ پیش امد و در مجموع موزانه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمین‌های اشغال شده بیرون رانده شدند و با وحدت نظر مسئولان ارشد کشور از جمله آیت الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات نظامی، طراحی و اجرا شد. هم زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه بین المللی نیز بیشتر و فعال‌تر شد. وی طی ۷ سال از مجموع ۸ سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های حسن نیت صلح که از سوی سازمان‌های بین المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیت‌های مهم بین المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص داد. در دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضور‌ها و بازدیدهای محدود اکتفا کرد، اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها او را ناگریز کرد پس از کسب مواقفت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین آیت الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در ۱۳۶۵ ش و به منظور به کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام دادن اقدامات موثر در بسیج نیرو‌ها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد (همان، شمـ ۲۰۸۸) امام خمینی در پاسخ به استعلام وی در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم الاجرا اعلام کرد (صحیفه، ۴۶۷. ۲۰)
در تابستان ۱۳۶۷- در آخرین سال ریاست جمهوری آیتالله خامنه ای با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیت الله خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت (درودیان، ۱۶۳) امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفا به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: قول این مسئله برای من از زهره کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولان کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند؛ و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است. (صحیفه، ۹۲. ۲۰، ۹۵).
به دنبال این تصمیم آیت الله خامنه‌ای به عنوان رئیس جمهور در نامه‌ای در ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد (ولایتی، ۲۷۸-۲۷۹).
و- فعالیت‌های ارشادی و تبیینی
بخشی مهمی از فعالیت‌های سیاسی و مذهبی آیت الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیت‌های ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
به دنبال شهادت آیت الله مرتضی مطهری و خلأی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، ایت الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و اعتقادی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه‌های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به ویژه مارکسیست‌ها در محیط دانشگاهی تعیین کرد (صحیفه، ۱۳۸. ۸) وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسش‌های فکری و سیاسی ان‌ها پاسخ می‌داد. این جلسات بعد‌ها درمساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوء قصد به وی در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سو قصد به وی در مسجد ابوذر در خلال یکی از همین جلسات رخ داد (جمهوری، شمـ ۱۱۳، ص۸، شمـ ۱۸۲، ص ۱۰، شمـ ۱۹۲، ص۱۰).
اقدام دیگر او مقابله با تلاش‌هایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل گیری بود بدین نحو که نامه‌ای به امضای ۱۵ نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته جمعی استعفا کنند (مصاحبه‌ها (۱۳۶۰)، ۱۱۲-۱۱۴) آیت الله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه هیئت وزیران شرکت می‌کرد، بعد از طرح نامه مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید. امام خمینی نیز، پس از اگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأکید کرد (صحیفه، ۳۲۰. ۱۰)
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن ۱۵ هجری قمری نیز بود. بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئت‌های گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاه‌های جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملت‌ها، به ویژه ملت‌های مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را برعهده گرفت. وی به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند ۱۳۵۹ به شهرهایی چون دهلی نو، حیدرآباد، بنگلور (کیهان، شمـ ۱۱۲۲۲، ص۴) و منطقه کشمیر (جمهوری، شمـ ۴۹۸، ص۳) سفر کرد و در سخنرانی‌ها، دیدار‌ها و گفتگو‌ها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاه‌ها، تشکل‌ها و شخصیت‌های اسلامی و شیعیان هند چهره واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان کرد (کیهان، شمـ ۱۱۲۱۸، ص۱۲؛ جمهوری، شمـ ۴۹۷، ص۳) همچنین، با خانم گاندی نخست وزیر هند- که از شخصیت‌های معتبر و موجه بین المللی بود- دیدار و گفتگو کرد (در مکتب، ۱۱۴. ۳-۱۱۸).
ز- مقابله با لیبرال‌ها و بنی صدر
یکی از مسائل مهم جامعه ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرال‌ها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی صدر بود. آیت الله خامنه‌ای، بنی صدر را نماینده جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود (زندگینامه، ۱۶۶-۱۷۲). اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست جمهوری در مجلس شورای اسلامی در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، آیت الله خامنه‌ای در موافقت با طرح، نطق مشروح و موثری را یاد کرد (مشروح...، دوره اول، جلسه ۱۶۷).
آیت الله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون بر ضد جناح لیبرال و ملی گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی آمریکا در ایران با تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد (مصاحبه‌ها، (۱۳۶۳-۱۳۶۴)، ۱۱۴-۱۱۶) در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزرا و مسئله پاکسازی در ادارات و سازمان‌های دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرفدار خط سازش با آمریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌کرد (خلاصه، جلسه‌های متعدد)
ایت الله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد (هاشمی، انقلاب در...، ۱۷۶) امام خمینی در پیامی خطاب به آیت الله خامنه‌ای توطئه سوء قصد به جان وی را محکوم کرد و از او تجلیل نمود (صحیفه، ۳۰۴. ۱۴). براثر این سوء قصد وی از ناحیه سینه، دست راست آسیب جدی دید. گزارش‌های غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند. (جرعه نوش...، ۲۱۷-۲۱۸) آیت الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجددا به صحنه اجتماعی و سیاست بازگشت و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد (مشروح، دوره اول، جلسه ۱۹۹).
ح- دوران ریاست جمهوری
پس از شهادت محمد علی رجایی-دومین رئیس جمهور اسلامی ایران- شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و به رغم مخالفت آیت الله خامنه‌ای، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقا با تصدی روحانیون در مقام ریاست جمهوری موافق نبودند، یا نامزدی او موافقت کردند (فارسی، ۵۴۳-۵۴۴).
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست جمهوری او حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت الله خامنه‌ای ائتلاف گروه‌های خط امام بود (جمهوری، شمـ ۶۶۷، ۶۶۸، ۶۶۹، ۶۷۰، ۶۷۱، ص۱، ۱۱) انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیت الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۹۵. ۱۱%) به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد (همان، شمـ ۶۷۸، ص ۱۱) در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری وی را تنفیذ کرد (صحیفه، ۲۷۸. ۱۵) و او در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد (مشروح، دوره اول، جلسه ۲۲۴).
آیت الله خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علی اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد (همان، جلسه ۲۲۶)، ولی وی در رأی گیری روز ۳۰مهر ۱۳۶۰ نتوانست آراء اکثریت نمایندگان را کسب نماید (همان، جلسه ۲۲۷) در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه دولت‌های رجایی، باهنر و مهدوی کنی (دولت‌ها ۴۶۱، ۴۶۷، ۴۷۲، ۴۸۲) بود، به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی کرد (مشروح، دوره اول، جلسه ۲۲۹)، او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند (همان، جلسه ۲۳۰).
آیت الله خامنه‌ای ریاست جمهوری خود را در حالی اغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری دارای ساختار مناسبی نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس جمهور پدید می‌آورد به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت (خاطرات...، ۷). ایت الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاش‌های خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعد‌ها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به ویژه در تعامل با نخست وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و درتاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید (مشروح، دوره دوم، جلسه ۲۶۸).
سرفصل برنامه‌های آیت الله خامنه‌ای در دوره چهار ساله اول ریاست جمهوری عبارت بود از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی؛ نیل به سیاست‌های اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دور افتادگان از مرکز؛ طاغوت زدایی از همه شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران؛ کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه عرصه‌ها از تکنیک تا هنر؛ تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه خدمت موثر به مردم؛ تأمین امنیت و آزادی همه افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر (حاج سیدجوادی، ۱۰۳-۱۰۴).
در دوره چهار ساله دوم نیز ضمن ادامه برنامه‌های دوره اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، این موارد نیز از اهم برنامه‌های آیت الله خامنه‌ای بود: تدوین لایحه اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولان لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمین‌های کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی (جمهوری، شمـ ۱۷۹۹، ص۱۰-۱۱).
در عرصه سیاست و روابط خارجی برنامه وی شامل این موارد بود: اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم گیری بر مبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب (نوازنی، ۲۹۸. ۱، ۳۰۰، ۳۳۹ و ۳۹۲)، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرت‌های جهانی و مبارزه مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه ابرقدرت‌ها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله قدس و دیگر سرزمین‌های غصب شده فلسطین و آمادگی برای مبارزه همه جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه بین المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور موثر در صحنه‌های بین المللی (علی بابایی، ۱۳۰. ۶)
آیت الله خامنه‌ای با توجه به تجربه مشکلات و اختلاف نظر‌ها با نخست وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری، مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند، اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی وی دانست، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت (هاشمی، امید...، ۲۲-۲۳؛ جرعه نوش، ۲۳۷).
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس جمهور و در آستانه انتخاب نخست وزیر آن‌گاه که معلوم شد آیت الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست وزیر در صدد معرفی فرد دیگری برای نخست وزیری است، برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفت و به آیت الله خامنه‌ای حکم کرد که مهندس موسوی را به عنوان نخست وزیر معرفی کند. آیت الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و به رغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد (هاشمی، همانجا) در دوره دوم ریاست جمهوری آیت الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست وزیر ادامه یافت و در مواردی معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
{ADVERTISE_GENERAL_LOCATION_22_BLOCK}{ADVERTISE_GENERAL_LOCATION_23_BLOCK}
