رئیس قوه قضائیه در احکامی جداگانه حجتالاسلام والمسلمین محمد جعفر منتظری را به سمت رئیس دیوان عالی کشور و حجتالاسلام والمسلمین محمد موحدی آزاد را به عنوان دادستان کل کشور منصوب کرد.
امام خمینی در تاریخ ۶ فروردین سال ۶۸ در نامهای به منتظری ضمن عزل وی، انتقادات مهمی نسبت به وی انجام میدهد. نامهای که در زمان نگارش با اصرار آیتالله خامنهای مبنی بر حفظ آبروی منتظری منتشر نشد.
عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام درخصوص نقش مرحوم امینی در عزل منتظری و همراهی با امام(ره) اظهار داشت: «مرحوم امینی اهل نجفآباد و همشهری منتظری بود، اما باوجود این پس از عزل از او دفاع نکرد و تابع امام(ره) و حامی انقلاب بود.»