امام خمینی در بخشی از نامه تاریخیشان به منتظری نوشتند: نامه ها و سخنرانیهای منافقین که به وسیلۀ شما از رسانه های گروهی به مردم می رسید؛ ضربات سنگینی بر اسلام و انقلاب زد و موجب خیانتی بزرگ به سربازان گمنام امام زمان ـ روحی له الفداء ـ و خونهای پاک شهدای اسلام و انقلاب گردید؛ برای اینکه در قعر جهنم نسوزید خود اعتراف به اشتباه و گناه کنید، ...
محمد سروشمحلاتی، فردی که رسانههای اصلاحطلب گاهی از وی با عنوان استاد و گاهی آیتالله نام میبرند؛ به تازگی در یادداشتی که خبرگزاری شفقنا آنرا منتشر کرد به افکار شهید مطهری در مقوله امر به معروف و نهی از منکر پرداخت و مدعی انزوای تفکر مطهری در جامعه کنونی شد!
رئیس قوه قضائیه در احکامی جداگانه حجتالاسلام والمسلمین محمد جعفر منتظری را به سمت رئیس دیوان عالی کشور و حجتالاسلام والمسلمین محمد موحدی آزاد را به عنوان دادستان کل کشور منصوب کرد.
امام خمینی در تاریخ ۶ فروردین سال ۶۸ در نامهای به منتظری ضمن عزل وی، انتقادات مهمی نسبت به وی انجام میدهد. نامهای که در زمان نگارش با اصرار آیتالله خامنهای مبنی بر حفظ آبروی منتظری منتشر نشد.
عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام درخصوص نقش مرحوم امینی در عزل منتظری و همراهی با امام(ره) اظهار داشت: «مرحوم امینی اهل نجفآباد و همشهری منتظری بود، اما باوجود این پس از عزل از او دفاع نکرد و تابع امام(ره) و حامی انقلاب بود.»