تاكنون مدرسه عالي شهيد مطهري، از طرف وزارت علوم، به عنوان يك مركز آموزش عالي به رسميت شناخته مي شد و مدارك تحصيلي دانشگاهي در خصوص آن اعمال مي گرديد؛ از طرفي ديگر حوزه علميه قم نيز طي مدارج در اين مدرسه را مطابق قوانين خود قلمداد مي نمود.

به گزارش خبرنگار سرويس دانشگاه جهان، در پي انتشار تصميم شوراي عالي انقلاب فرهنگي در خصوص تبديل "مدرسه عالي شهيد مطهري" به "دانشگاه" در رسانه‌ها در انتهاي هفته پيش، موج گسترده اي از نارضايتي و مخالفت دانشطلبان (دانشجو - طلبه ها) و فارغ التحصيلان اين مدرسه و بسياري از فعالان و معتقدان به آرمان "وحدت حوزه و دانشگاه" به راه افتاد.

بنا بر آخرين گزارش خبرنگار سرويس دانشگاه جهان، امروز و هم‌اينك جمع كثيري از دانشطلبان اين مدرسه در صحن مدرسه عالي شهيد مطهري، در اعتراض به اين تصميم، اقدام به تجمع و تحصن نموده اند؛ ضمنا متحصنين با خودداري از شركت در كلاسهاي امروز، به نگارش و ارسال نامه اي خدمت مقام معظم رهبري جهت طلب استمداد در اين خصوص مبادرت ورزيده اند.

گفتني است تاكنون  مدرسه عالي شهيد مطهري، از طرف وزارت علوم، به عنوان يك مركز آموزش عالي به رسميت شناخته مي شد و  مدارك تحصيلي دانشگاهي در خصوص آن اعمال مي گرديد؛ از طرفي ديگر حوزه علميه قم نيز طي مدارج  در اين مدرسه را مطابق قوانين خود قلمداد مي نمود.

اين مدرسه بنا به پيشنهاد استاد شهيد، آيت الله مرتضي مطهري، تأييد ويژه حضرت امام(ره) و نيز تأييدات بعدي رهبر فرزانه انقلاب، به الگويي براي اجرايي ساختن آرمان وحدت حوزه و دانشگاه تبديل شد و بنا به تحليل صاحب نظران، با گرفتن موجوديت بينابيني ميان دانشجو و طلبه از آن، از خاصيتمندي اين نهاد آموزشي موفق، به نحو چشمگيري كاسته خواهد شد.