حضرت امام خمینی(س) در تاریخ ۲۵ آبان ۱۳۶۰ رحلت آیت الله سید محمد حسین طباطبایی(ره) را تسلیت گفت: من قبلاً باید از این ضایعه‏ ای که برای حوزه ‏های علمیه و مسلمین حاصل شد ـ و آن رحلت مرحوم علامه طباطبایی است ـ اظهار تأسف کنم و به شما و ملت ایران و خصوص حوزه‏ های علمیه، تسلیت عرض کنم.