امام خمینی در تاریخ ۶ فروردین سال ۶۸ در نامه‌ای به منتظری ضمن عزل وی، انتقادات مهمی نسبت به وی انجام می‌دهد. نامه‌ای که در زمان نگارش با اصرار آیت‌الله خامنه‌ای مبنی بر حفظ آبروی منتظری منتشر نشد.

نامه سرگشاده موسوی خوئینی‌ها به رهبر معظم انقلاب طی روزهای گذشته از سوی اصولگرایان، اصلاح‌طلبان و دیگر طیف‌های سیاسی و اجتماعی و به ویژه پژوهشگران حوزه تاریخ معاصر، واکنش‌های گسترده‌ای را در پی داشت.