یکی از لایه‌های پنهان نفوذ در حوزۀ علمیه، سکولاریزم پنهان است که به‌ویژه در ساحت روش تحقیق وارد می‌شود؛ مثل آن فردی که مهم‌ترین و اسرارآمیزترین امر عالَم، یعنی امامت و ولایت حق و‌ طرح خدا و دین خدا را می‌خواهد با روش‌های تأویلی یا حسی یا مثلاً با رویکرد پدیدارشناسانه بشناسد.

باید برای تشکل اصلاح طلب مجمع محقق و مدرسین حوزه علمیه قم تاسف خورد که فردی در این سطح سواد را در خود جای داده است.