یکی از شیرین‌ترین خاطرات زندگی مبارزاتی آیت‌ا... خامنه‌ای، طی سفری تبلیغاتی به زاهدان شکل گرفت؛ آن هم در بحبوحه بازداشت انقلابیون و بعد از واقعه قیام 15 خرداد. او از آیت‌ا... العظمی میلانی خواسته‌بود که برایش توصیه‌نامه‌ای بنویسد تا بتواند در زاهدان از حمایت آیت‌ا... کفعمی، عالم مبارز و تقریبی آن خطه، برخوردار باشد و چنین نیز شد. سخنرانی آیت‌ا... خامنه‌ای در شب 15 رمضان سال 1342، در مسجد جامع زاهدان، شهر را تکان داد و ساواک را نسبت به فعالیت این سید خراسانیِ خوش‌بیان، حساس کرد. وقتی گزارش مأموران شهربانی به دست آرشام، رئیس وقت ساواک سیستان و بلوچستان رسید، پیشنهاد کرد: «چون پیش‌بینی می‌شود در صورتی که از ادامه منبر رفتن وی جلوگیری نشود، در جلسات بعدی نیز رشته سخن را تعقیب و تا ایام قتل (منظور شهادت امام علی(ع) است) بدون پروا سخنان تحریک‌آمیز که مخالف امنیت منطقه و انقلاب سفید شاهنشاه و اصول شش‌گانه اصلاحی است بیان نماید و موجبات اخلال و بی نظمی را فراهم سازد، دستگیر شود» و همین‌طور هم شد؛ او را بلافاصله دستگیر کردند و به زندان «قزل‌قلعه» تهران فرستادند. اما همان روزهای محدود برای آیت‌ا... خامنه‌ای، روزهای شناختن صفا و صمیمیت مردم محروم سیستان و بلوچستان بود؛ او در همان ایام، ضمن همکاری در فعالیت‌های خیریه آیت‌ا... کفعمی، با محرومیت‌های عمیق مردم این خطه آشنا شد و تصویری کامل و بی‌نقص از واقعیت سیستان و بلوچستان، در ذهن او باقی ماند.
 

حالا و بعد از 14 سال، دوباره آیت‌ا... خامنه‌ای به سیستان و بلوچستان بازمی‌گشت و البته، قرار نبود او را به صورت بازداشت از این منطقه بیرون ببرند؛ بعد از شش‌بار دستگیری به جرم فعالیت‌های انقلابی، این تصمیم از نظر ساواک و مقامات رژیم، تصمیمی بجا تلقی می‌شد؛ اما تصور آیت‌ا... خامنه‌ای چیز دیگری بود: «در سال ۱۳۵۶ که بار دیگر در حال تبعید به زاهدان و از آن‌جا به ایرانشهر آمدم، این آشنایی به من کمک کرد تا بتوانم به اعماق دل پُرمحبّت و گرم مردم این استان راه پیدا کنم.» او محل فعالیت و اقامت خود را، مسجد «آل‌رسول» انتخاب کرد؛ مسجدی که به ظاهر چندان فعال نبود. بانی آن در شهر دیگری سکونت داشت و تنها در ایام محرم و صفر، سری به مسجد می‌زد و برنامه عزاداری به راه می‌انداخت. آیت‌ا... خامنه‌ای خیلی زود مسجد آل‌رسول را از انزوا درآورد؛ جوان‌ها برای شنیدن سخنرانی‌هایش جمع می‌شدند و به تدریج، پایه و اساس برنامه‌های انقلابی در منطقه ریخته می‌شد. رویکردهای تقریبی و توجه به موضوع وحدت اسلامی، در صدر برنامه‌ها قرار داشت: «ما گفتیم بیایید کاری کنیم که یک نشانه‌ای از اتحاد شیعه و سنی را در این شهر نشان بدهیم؛ که این مسئله‌ هفته‌ وحدت - ولادت نبی‌ اکرم در دوازدهم ربیع‌الاول به روایت اهل سنت، و در هفدهم ربیع‌الاول به روایت شیعه - آن روز به ذهن ما رسید و در ایرانشهر آن را عمل کردیم؛ یعنی از دوازدهم تا هفدهم جشن گرفتیم. این یک فکر عمیقی بوده است، مال امروز و دیروز نیست.» افزون بر این‌ها، فعالیت‌های علمی هم برقرار بود؛ گاهی کتاب‌های جدید از طریق دوستان قدیمی، مانند آیت‌ا... محمدجواد باهنر، به دست آیت‌ا... خامنه‌ای می‌رسید و با آن برنامه‌های تبلیغاتی را سامان می‌داد. اما شاید هیچ‌کدام از اقدامات او، به اندازه فعالیت‌هایی که در تیرماه سال 1357، در ایرانشهر سازمان‌دهی کرد، اسباب نزدیکی و پیوند با مردم این شهر را فراهم نکرد: « پس از نماز مغرب دیدم سیل شهر را فرا گرفته و آب بالا آمده تا جایی که به ایوان مسجد هم رسیده. جریان سیل دو سه ساعت ادامه داشت. در این مدت صدای آوار خانه‌ها را یکی پس از دیگری می شنیدیم، همه‌چیز وحشتناک بود.» سیل همه دار و ندار مردم ایرانشهر را می‌شُست و می‌برد؛ باید کاری صورت می‌گرفت: «کمیته‌ای برای کمک به سیل‌زدگان تشکیل دادیم ... به شهر برگشتیم و در کمیته‌ نجات و امدادی که تشکیل داده‌بودیم، مستقر شدیم. خبر دادند که هشتاد درصد خانه‌های شهر ویران شده و تمام خانه‌هایی را هم که ویران نشده، آب فراگرفته است ... ناگهان به ذهنم رسید مردم شهر از دیروز تاکنون غذایی نخورده‌اند و گرسنه‌اند، نانواها به علت سیل نانوایی را بسته و آب وارد مغازه‌ها شده بود ... به اداره پست رفتم به آقای کفعمی در زاهدان، عالم بزرگ معروف استان سیستان‌و‌بلوچستان تلفن زدم و از ابعاد فاجعه با او صحبت کردم و گفتم ما نان و خرما و اگر بشود پنیر هرچه زودتر به هراندازه که بتوانید، نیاز داریم. از او خواستم با آقای صدوقی در یزد و با مشهد و تهران نیز تماس بگیرد و به همه اطلاع دهد که ما به غذا نیاز داریم ... دو سه ساعت بیشتر طول نکشید که یک کامیون بزرگ پر از نان و خرما و هندوانه و پنیر رسید. بلندگوی مسجد را با تلاوت قرآن باز کردیم و بعد اعلام کردیم که مسجد آل‌‌رسول مرکز کمک به مردم و رساندن غذا برای نجات مردم است.»
 

استیصال ساواک
طبیعی بود این اقدامات، از آیت‌ا... سیدعلی خامنه‌ای چهره‌ای محبوب در میان مردم سیستان و بلوچستان بسازد. ساواکی‌ها پیش از آن هم فعالیت‌های او را به مرکز گزارش می‌کردند. حتی خانه‌ای را مقابل محل اقامتگاه وی تهیه کرده‌بودند تا به طور مستقیم، فعالیت‌های آیت‌ا... خامنه‌ای را زیرنظر بگیرند؛ همان زمان بود که عبدالحسین برونسی، دوست و شاگرد مشهدی آیت‌ا... خامنه‌ای که بنّای زبردستی هم بود، به دیدار وی آمد و با دستور او، مسیر دید عوامل ساواک را تیغه کرد! این اقدامات از چشم ساواک دور نمی‌ماند، اما مأموران سازمان امنیت شاه، حالا با یک چالش روبه‌رو شده‌بودند که پیش از این، برایشان قابل پیش‌بینی نبود؛ محبوبیت آیت‌ا... خامنه‌ای در میان مردم؛ محبوبیتی که می‌توانست برای رژیم شاه بسیار گران تمام شود. روز 20 اردیبهشت سال 1357، این موضوع طی گزارشی به اطلاع ساواک مرکز رسید: «به: 11 هـ 312 * از : 11 هـ / الف 11 / هـ * تاریخ گزارش: 20/2/57 * موضوع : روحانیون تبعیدی * در غیاب آقای حاج محصل یزدی پیش‌نماز مسجد آل‌رسول آقایان خامنه‌ای و راشدپور یزدی (معممین تبعیدی) عهده‌دار پیش‌نمازی می‌شوند و بعد از نماز عشاء و به‌مدت نیم ساعت سخنرانی می‌نمایند و تعداد جمعیتی که در مسجد حضور می‌یابد حدود 180 نفر مرد و 50 نفر زن می‌باشد * نظریه شنبه: آقایان خامنه‌ای و راشد‌پور یزدی توانسته‌اند در مدت کوتاهی که در ایرانشهر هستند در بین مردم محبوبیتی کسب نمایند.» در پی این گزارش، رئیس ساواک دستور داد مراقبت‌ها را افزایش دهند تا در صورت بحرانی شدن وضع برای رژیم، دست به اقدامات شدید بزنند. اما با وقوع سیل در تابستان 1357، عوامل ساواک عملاً نتوانستند اقدام مؤثری انجام دهند.

آیت‌ا... خامنه‌ای میدان‌دار اصلی و مدیر فعال این عرصه بود. گزارش ساواک سیستان و بلوچستان به اداره سوم مرکز خبر از این موضوع می‌دهد: «به: مدیرکل اداره سوم * از: سازمان اطلاعات و امنیت سیستان و بلوچستان * درباره روحانیون تبعیدی ایرانشهر * سازمان ایرانشهر اعلام داشته روحانیون تبعیدی مقیم ایرانشهر به سرپرستی سیدعلی حسینی خامنه‌ای ضمن تماس با اهالی شهرستان‌هایی نظیر یزد و زاهدان، آرد، برنج، نان و غیره تهیه و با در اختیار گذاردن حواله‌ای به شرح " مسجد آل‌رسول – گروه امداد علمای اسلامی – سیدعلی خامنه‌ای" مواد مزبور را بین سیل‌زدگان توزیع می‌نمایند.» این استیصال تا پایان تبعید آیت‌ا... خامنه‌ای ادامه یافت؛ او اواخر تابستان 1357، از تبعید بازگشت.