وی در زمینه توسعه بی‌رویه تحصیلات تکمیلی در دانشگاه آزاد، اظهار داشت: در چند سال گذشته دانشگاه آزاد به یکباره ظرفیت‌های مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری را افزایش داد و اعتقاد داشت که این ظرفیت‌ها به دولت کمک می‌کند.

کوچکی‌نژاد افزود: البته دیدگاه دولت خلاف دانشگاه آزاد بود، زیرا وزارت علوم معتقد بود که این دانشگاه در برخی واحد‌ها شرایط توسعه تحصیلات تکمیلی را ندارد و به همین دلیل قانون سنجش و پذیرش دانشجویان تصویب شد تا پذیرش دانشجویان از طریق سازمان سنجش و بر اساس ظرفیت‌هایی که وزارت علوم تعیین می‌کند، صورت گیرد.