به گزارش جهان نیوز، ورود فاضلاب‌های صنعتی، خانگی، بیمارستانی و ضایعات کشتارگاهی، سموم کشاورزی، پسماند‌ها و نخاله‌ها، به تالاب و رشد گیاهان مهاجمی، چون آزولا و سنبل آبی، تصرف اراضی و ساخت و ساز در حریم تالاب، آتش زدن نیزار‌ها با هدف تصرف، ورود رسوبات از رودخانه‌ها و انتقال آلودگی از دریا و کاهش میزان آب موجود، حیات تالاب انزلی را به شدت به خطر انداخته است. این معضلات تالاب انزلی را در سال ۱۹۹۳ در فهرست تالاب‌های در معرض خطر (مونترو) قرار داد.