علی مطهری در یادداشتی که در اختیار یک سايت خبری قرار داد نسبت به ممانعت از سخنرانی سید حسن خمینی، واکنش نشان داده و از آن بعنوان «حادثه تلخ» یاد کرده است.

به گزارش جهان مطهری با مقصر دانستن رئیس جمهور در این مراسم  گفته است که حادثه ممانعت از سخنرانی حجت الاسلام سید حسن خمینی در مجلس سالگرد رحلت امام خمینی (ره) یک حادثه تلخ و مخالف آرمانهای انقلاب اسلامی از جمله آزادی بیان بود و البته یک حادثه از پیش طراحی شده بود که شخص رئیس جمهور در آن نقش اساسی داشت و می توان گفت از سنخ مناظره انتخاباتی ایشان بود که زمینه فتنه را فراهم کرد.

وی همچنین مي نويسد: اگر قوه قضاییه عوامل فتنه انتخاباتی 88 یعنی آقایان موسوی، کروبی و احمدی نژاد را به طور همزمان محاکمه می کرد و مجازات هریک را به نسبت جرم آنها اعلام می نمود در 14 خرداد89 این اتفاق نمی افتاد .احمدی نژاد مانند کودک یک خانواده شده است که هرچه دیگران را اذیت می کند مورد تشویق قرار می گیرد.

وی در بخش دیگری از نوشته خود نیز با تشبیه مردم نمازگزار با سپاه عمر سعد در روز عاشورا نوشت:آقایانی که اصرار بر شبیه سازی حوادث امروز با حوادث صدر اسلام دارند آیا صحیح می دانند که آنها و دار و دسته شان را به سپاه عمر سعد و ابن زیاد تشبیه کنیم که در روز عاشورا با ایجاد سر و صدا اجازه نمی دادند نوه پیغمبر سخن بگوید؟