موسوی خوئینیها چندی قبل طی بیانیهای به بهانه اظهارات آیتالله صافی، خواستار استقلال مراجع و علمای حوزه از نظام اسلامی شده و اینطور ابراز کرده بود که مراجع نیازی به ابزار حکومتها و قدرتها ندارند.
مجمع نمایندگان طلاب و فضلای حوزه علمیه قم در بیانیهای خطاب به موسوی خوئینیها تصریح کرد: آیا فراموش کردید که حداقل نصف عمر چهل ساله انقلاب در دست دولت های هم فکر شما بوده است؟