رهبر فرزانه انقلاب، حضرت آیت الله خامنه‌ای درباره شهید مصطفی خمینی می‌گویند: ایشان طوری رفتار می‌کرد که با هیچ یک از مراجعین فرقی نداشت و هرگز انتساب به امام(ره) و با نام ایشان برای او وسیله‌ای محسوب نمی‌شد.

حاج آقا مصطفی خمینی در اول آبان ۵۶ به طرز مشکوکی به شهادت رسید، مرحوم آیت‌الله خاتم یزدی از آن روزگار و برخورد امام با این مساله و... به نقل خاطره پرداخته است.