منابع آگاه روز دوشنبه به «میدل‌ایست‌آی» گفته‌اند «ماهر عبدالعزیز مطرب» از مقام‌های اطلاعاتی سعودی که در کشتن خاشقجی نقش داشته، جسد این روزنامه‌نگار سعودی را در یک کیف بزرگ قرار داده و آن را به خارج از ترکیه منتقل کرده است.  «مطرب» که اغلب در سفرهای بن‌سلمان در کنار او دیده می‌شود روز 2 اکتبر (مصادف با 10 مهرماه)، یعنی در روزی که خاشقجی به قتل رسید ساعت 18:20 به وقت محلی استانبول را ترک کرده است. خاشقجی در همین روز در کنسولگری عربستان سعودی در استانبول به قتل رسید.

کیف‌های «مطرب» با توجه به ورودش از گیت VIP به فرودگاه «آتاتورک» مورد بازرسی قرار نگرفته است. هواپیمای خصوصی او به شماره دم   HZ-SK1 نیز به دلیل آنکه قبل از پررنگ شدن مسئله خاشقجی پرواز کرده مورد بازرسی قرار نگرفته است. منابع مطلع گفته‌اند یک هواپیمای دیگر کاملاً مورد بازرسی قرار گرفت اما چیزی در آن یافت نشد.
منابع مورد استناد میدل‌ایست‌آی می‌گویند مطرب که گذرنامه دیپلماتیک داشته، ظاهراً برای پرواز عجله داشته است. 

عربستان سعودی بامداد شنبه، (28 مهرماه) 18 روز بعد از ناپدید شدن خاشقجی در پی ورود به سفارت سعودی در استانبول کشته شدن او را تأیید کرد. روایت ریاض درباره اینکه او چگونه کشته شده با تردیدهای جدی در دنیا رو به رو شده  و حتی «دونالد ترامپ»، رئیس‌جمهور آمریکا هم بعد از تأیید اولیه از آن عقب‌نشینی کرده است.

رژیم ریاض، علی‌رغم آنکه در ابتدا اصرار داشت خاشقجی ساختمان کنسولگری را زنده و سالم ترک کرده بامداد شنبه اعتراف کرد که او کشته شده؛ ریاض،  اما ادعا کرد که قتل او بعد از شکل‌گیری منازعه با برخی از حاضران در کنسولگری اتفاق افتاده است.

 
در حالی که منابع اطلاعاتی ترکیه و کشورهای دیگر معتقدند قتل او به دستور «محمد بن سلمان»، ولیعهد سعودی اتفاق افتاده روایت رسمی تلاش می‌کند عوامل رده بالای حکومتی را از مشارکت در این قتل یا اطلاع از آن تبرئه کند.

یکی از مسائلی که باعث تشکیک عمومی درباره روایت ریاض شده سرنوشت جسد خاشقجی است که بی‌پاسخ رها شده؛ «عادل الجبیر»، وزیر خارجه سعودی در مصاحبه‌ای روز یکشنبه ادعا کرد مقام‌های سعودی اطلاعی از اینکه جسد در کجاست ندارند. 

در مقابل، مقام‌های ترکیه‌ای پیشتر گفته بودند اسنادی در دست دارند که نشان می‌دهد جسد خاشقجی بعد از قتل توسط یک متخصص کالبد شکافی قطعه قطعه شده و احتمالاً به بیرون از ترکیه منتقل شده است. 

«رجب طیب اردوغان»، رئیس‌جمهور ترکیه روز یکشنبه وعده داد تمام حقایق درباره قتل خاشقجی را «عریان» بیان کند. اردوغان گفت سه‌شنبه بیانیه‌ای در همین مورد ایراد خواهد کرد.

رئیس‌جمهور ترکیه گفت: «ما به دنبال عدالت هستیم و حقایق در این مورد به صورت عریان بیان خواهند شد؛ نه از طریق برخی گام‌های عادی بلکه به صورت کاملاً عریان».
یک منبع ترکیه‌ای به میدل‌ایست‌آی گفت جسد خاشقجی به 15 قطعه تقسیم شده است.