میزان آلودگی وارده به رودخانه کرج در برخی مواقع کیفیت آب رودخانه را به حدی تنزل می دهد که نه تنها قابل شرب نیست بلکه زیست جانورانی که در آب زندگی میکنند با خطرات جدی مواجه هستند.یکی از دلایل این آلودگی تردد بی شمار مسافرین شمال است .