کوه خضر نبی در ۶ کیلومتری از مرکز قم به سمت جنوب قرار دارد و از فراز این کوه تمام شهر قم دیده می‌شود. بر قله این کوه در سه هزار سال پیش غاری بوده که امروز به مسجد کوچکی تبدیل شده‌است. ګفته می‌شود در قدیم این مسجد محل زیارت حضرت خضر نبی بوده‌است. سالها پیش قبل از اینکه شهر قم اینقدر وسعت پیدا نکرده بود کوه خضر محل نیایش عارفان بوده است.