در سال 1372 با دفاع از پايان نامهاش با عنوان "موعوديت در انقلاب ايران و روسيه" زير نظر حسين بشيريه فوق ليسانس علوم سياسي و دکتراي آن را در آن دانشگاه ميگيرد. سپس حجاريان با نام مستعار " جهانگير صالح پور" در نشريه کيان، قرائت جديد طيف موسوم به چپ مدرن را از ولايت فقيه و سيستم حکومتي وابسته به آن تشريح ميکند. بطوريکه برخي از انديشمندان ديني همان دوران به نقد مقالات وي در باب ولايت فقيه مشغول بودند، از آن مقالات بعنوان " مطالبي که بصورت رندانهاي پنبه ولايت فقيه را ميزند" ياد نمودهاند. حجاريان در همين زمان در نشريه نيمروز با نام مستعار " نادر صديقي" چند مقاله در باب "آزادي اسلامي" مينويسد و با اقامت در خارج از کشور باب گفتگو با اپوزيسيون را باز ميکند. حجاريان در زمان تصدي معاونت سياسي دفتر تحقيقات استراتژيک رياست جمهوري، فقط يک پروژه به نام "توسعه سياسي" را در دستور کار قرار دادکه موضوع آن نوسازي سياسي يا دموکراتيزاسيون بود. پروژه سياسي حجاريان و تيمش چنان انحرافي بود که خود وي اذعان دارد هاشمي رفسنجاني با آنان اختلاف داشت. سعيد حجاريان قبل از دوم خرداد 1376 مقالات بسياري در هفته نامه " عصرما" به رشته تحرير در آورد. مجموعه اين مقالات در کتابي با عنوان " جمهوريت؛ افسون زدايي از قدرت" به چاپ رسيده است. حجاريان نظريه پرداز و تئوريسين حزب مشارکت محسوب ميشود و تئوريهاي " فشار از پايين و چانه از بالا" و " فتح سنگر به سنگر" از جانب وي و پس از دوم خرداد 76 مطرح شده است. وي همچنين در جنگ رواني تبحر خاصي دارد و در دورههاي مختلفي اين مباحث را تدريس کرده است. سعيد حجاريان پس از دوم خرداد 76 بعنوان مشاور سياسي سيد محمد خاتمي رئيس جمهور وقت انتخاب گرديد و آخرين مسئوليت اجرايي او، عضويت در شوراي شهر تهران بود. وي در دوران اصلاحات به صورت جدي وارد عرصه مطبوعات شد و با مدير مسئولي "روزنامه صبح امروز" مشغول فعاليت گرديد. روزنامه انگليسي فاينشنال تايمز نزديکترين روزنامه نگار به حجاريان را اکبر گنجي ميداند. يکي ديگر از دوستان نزديک سعيد حجاريان، "سعيد شاهسوندي" از اعضاي فعال گروهک منافقين بوده است. حجاريان درباره او ميگويد: «شاهسوندي مسئول راديوي منافق بود که در عمليات مرصاد دستگير شد و مدتي زنداني ميشود و بعد به آلمان ميرود و ديگر کار سياسي نميکند». شاهسوندي هم درباره حجاريان چنين ميگويد: « تنها کسي که ميشود با او حرف زد حجاريان است. او فقط ميفهمد من چه ميگويم». علي فلاحيان وزير اطلاعات در دوران رياست جمهوري هاشمي رفسنجاني در مورد تغيير رفتار سعيد حجاريان چنين ميگويد: سعيد حجاريان تا وقتي که در وزارت اطلاعات بود نيروي فعالي بود. اما بعد از آنکه حجاريان فعاليتش در دانشگاه شروع شد، نوشتههايي از او منتشر شد که با آن «سعيد» که ما در وزارت ميشناختيم خيلي متفاوت بود. روح الله حسينيان در مورد رفتارهاي خشن سعيد حجاريان چنين ميگويد: من و آقاي محسني اژهاي به خاطر عملکردهاي خشونت آميز آقاي حجاريان و ربيعي نتوانستيم آنجا بمانيم. چطور شده است که يک مرتبه در جامعه همه چيز برعکس شده و ما مبدل به چهرههاي خشن شدهايم و آنها چهرههاي ملايم و ضد خشونت شدهاند!؟