پرونده نوشین نفیسی هم مساله اختلاف برانگیز دیگری بود که ظاهرا دلیل برکناری شهید لاجوردی بود.
به گزارش جهان، حسین الهام در گوگل پلاس نوشت: پرونده نوشین نفیسی هم مساله اختلاف برانگیز دیگری بود که ظاهرا دلیل برکناری شهید لاجوردی بود. نوشين نفيسي فرزند دكتر ابوتراب نفيسي، پزشك مخصوص مرحوم منتظري است که در سال 1358 به عضويت گروه ماركسيستي پيكار در ميآيد. این سازمان در آذرماه 1357 شكل گرفته بود و در طول سالهاي نخست انقلاب، همواره به انجام فعاليتهاي تروريستي عليه نظام ميپرداخت. آنچنان كه اين سازمان خشن ترين سازمان كمونيستي در ايران پس از انقلاب اسلامي ناميده شده است. پس از خرداد 1360 و ورود مستقيم گروهكها به جنگ مسلحانه با نظام، نوشين نفيسي (ثریا) به رهبري جناح انقلابي يا جناح فراكسيون راه كارگر- پيكار ميرسد و در تابستان 1361 بازداشت ميشود و دادگاه انقلاب محكوم به اعدام ميشود اما دخالت منتظري كه به عنوان قائم مقام رهبري اختيار عفو محكومان را داشت، سبب ميشود تا در اقدامي نادر، حكم اعدام او به آزادي تخفيف خورد. در تاريخ 25/9/63 ، يوسف صانعي دادستان وقت كشور در نامه اي به موسوي اردبيلي رئيس ديوان عالي كشور و رئيس شوراي عالي قضايي مينويسد: «با توجه به سياست كلي فقيه عاليقدر حضرت آيت ا... العظمي منتظري در رابطه با برخورد با افراد وابسته به گروهكها و زندانيان و با توجه به عنايت خاص ايشان نسبت به جناب آقاي دكتر نفیسی... و با عنايت به اين كه افراد نزديكي از اين خانواده محكوم به اعدام و حكم درباره آنها اجرا گشته و با عنايت به تعهد اسلامي و تخصص خود جناب آقاي دكتر نفيسي تقاضا ميشود. از محضر امام امت مدّظلّهالعالي دو درجه تخفيف براي محكومه نوشين نفيسي صبيه آقاي دكتر نفيسي درخواست شود.1- مجازات اعدام او به 15 سال زندان 2- مدت حبس وي به 5 سال معلق...» بدين شكل زمينه آزادي عضو مركزيت يك سازمان كه به جنگ مسلحانه با نظام پرداخته است، فراهم ميشود. شهيد لاجوردي نيز در پشت برگه حكم آزادي نوشين نفيسي كه به وي ابلاغ شده بود، مينويسد: « زنداني نوشين نفيسي يكي از خبيثترين و متعصبترين افراد نادري است كه در زندان تحمل كيفر مينمايد ، ولي با شيوههاي منافقانه به دروغ خود را بريده نشان ميدهد. بديهي است كسي كه از مركزيت جناح انقلابي منشعب از پيكار مرتد محارب باشد، آزاديش چه مقدار براي جامعه خطرناك است، ولي چه ميشود كرد؟! چون دستور آزاديش صادر شده چاره اي جز آزاد كردن نيست. (گرچه با تمام وجود مخالف آزاديش هستم ... خدايا تو شاهدي با ديدن اين نامه و تبعيض غيرقابل تصور مرگ خود را از تو خواستم! ) لذا با سپردن كفيل و وثيقهاي معادل يك ميليون تومان آزاد شد. 2/10/ 63»
کمتر از یک ماه پس از این حکم شهید لاجوردی از سمت خود برکنار میشود. این آخرین پرونده مهم او بود و آنقدر برایش اهمیت داشت که در سخنرانی جلسه تودیع هم به آن اشاره میکند: «نوشين نفيسي جزو يكي از سه نفر مركزيت جناح انقلابي راه كارگر بود. وقتي چنين فردي را بياورند آزاد كنند، من به آنها گفتم كه وقتي [دستور] آزادي او را ديدم، از خدا مرگم را خواستم و در پرونده هم نوشتم. نوشتم خدايا تو شاهدي وقتي كه اين تبعيض را در جمهوري اسلامي ديدم از تو مرگم را خواستم... چرا 5 رديف زير او اعدام بشود اما مركزيت آزاد بشود؟ اين ظلم است... گفتم عليرضا تشيد در تيرماه حكم اعدامش تأييد شده، اما شما تا حالا نميگذاريد اعدام بشود، در زندان 150 نفر را كمونيست كرده و دنبال كارش هستيد تا اين را هم از مرگ نجات دهيد.»