«موسوي و كروبي و خاتمي با ابراز طرفداري از آيت الله خميني نمي توانند قشرهاي طرفدار آيت الله خامنه اي و پيرو اسلام فقاهتي را جذب كنند بلكه فاعلان اپوزيسيون را هم دفع مي كنند».

اين تحليل را اكبر گنجی در واكنش به تظاهر سران فتنه نسبت به طرفداري از امام خميني عنوان كرد. به گزارش جهان وي با اشاره به اينكه درك مي كند چرا امثال موسوي و كروبي از امام دفاع مي كنند، نوشت: اين انتظار كه مهندس موسوي و مهدي كروبي از آيت الله خميني انتقاد كنند از نظر سياسي نادرست است و هيچ كمكي به گذار نمي كند. اولا آن دو بايد بتوانند بين دو ولي فقيه فاصله بگذارند. ثانياً آنها ضدآيت الله خميني، ضد انقلاب و ضد جمهوري اسلامي معرفي مي شوند. بنابراين بايد اجازه داد آنها همان گونه كه درست مي دانند مبارزه كنند.
وي در عين حال تظاهر به دفاع از امام را براي سران فتنه داراي اشكال اساسي دانسته و در سايت روزنت مي نويسد: دفاع از آيت الله خميني و خود را پيرو او معرفي كردن از نظر تاكتيكي و استراتژيك نادرست است. به محض آن كه ادعاي «پيروي از امام راحل» طرح گردد، ساز و برگ هاي ايدئولوژيك نظام اين مدعا را مطرح خواهند ساخت كه آيت الله خميني گفته است «پشتيبان ولايت فقيه باشيد تا مملكت شما آسيب نبيند» يا به حمايت آيت الله خميني از آيت الله خامنه اي براي رهبري سخن خواهند گفت. هاشمي رفسنجاني مي گويد در آن جلسه ميرحسين موسوي هم حضور داشته است. هاشمي مي گويد « در زماني كه بحث عزل آيت الله منتظري جدي بود، به امام گفتيم «بعد از شما چه اتفاقي مي افتد؟ ما كه رهبري نداريم. خلأ پيش مي آيد» كه ايشان گفتند «آقاي خامنه اي هست». اين تعبير را در جمع ما 5 نفر (موسوي اردبيلي، سيدعلي خامنه اي، هاشمي رفسنجاني، ميرحسين موسوي، احمد خميني) گفته بودند. آيت الله خامنه اي به امام گفتند «گفتن اين مطالب اين جلسه را بر ما حرام كنيد» ... از بعضي از اعضاي خانواده امام نقل كردند كه وقتي آيت الله خامنه اي در دوره رياست جمهوري به كره شمالي رفته بود و امام فيلم سفر را از تلويزيون تماشا مي كردند، گفتند: «ايشان براي رهبري صلاحيت دارند».
اكبر گنجی همچنين يادآور شد در برابر ادعاي وفاداري به خط امام گفته خواهد شد امام فتوا صادر كرد كه براي حفظ نظام، مي توان احكام اوليه اسلام را تعطيل كرد چه رسد به بقيه مسائل». گنجي خطاب به موسوي و كروبي اضافه كرد: وقتي با سران نهضت آزادي ملاقات مي كنيد، مي گويند امام بدترين تعابير را درباره آنها به كاربرد ونوشت «نهضت به اصطلاح آزادي طرفدار جدي وابستگي كشور ايران به آمريكا است، و دراين باره از هيچ كوششي فروگذار نكرده... اگر خداي متعال عنايت نفرموده بود و مدتي در حكومت موقت باقي مانده بودند ملت هاي مظلوم بويژه ملت عزيز ما اكنون در زير چنگال آمريكا و مستشاران او دست و پا مي زدند و اسلام عزيز چنان سيلي از اين ستمكاران مي خورد كه قرن ها سربلند نمي كرد، و به حسب امور بسيار ديگر، نهضت به اصطلاح آزادي صلاحيت براي هيچ امري از امور دولتي يا قانون گذاري يا قضايي را ندارند؛ و ضرر آنها، به اعتبار آن كه متظاهر به اسلام هستند و با اين حربه جوانان عزيز ما را منحرف خواهند كرد و نيز با دخالت بي مورد در تفسير قرآن كريم و احاديث شريفه و تاويل هاي جاهلانه موجب فساد عظيم ممكن است بشوند، از ضرر گروهك هاي ديگر، حتي منافقين اين فرزندان عزيز مهندس بازرگان، بيشتر و بالاتر است...» (صحيفه نور، جلد 20، ص 482-481)
وي همچنين با اشاره به نامه نگاري سران فتنه به منتظري نوشت: وقتي به آيت الله منتظري نامه مي نويسيد و به تشييع جنازه او مي رويد نامه بركناري او توسط آيت الله خميني را علم مي كنند كه جايگاه آيت الله منتظري را قعر جهنم دانسته و نوشته بود « از آن جا كه روشن شده است كه شما اين كشور و انقلاب اسلامي عزيز مردم مسلمان ايران را پس از من به دست ليبرالها و از كانال آنها به منافقين مي سپاريد، صلاحيت و مشروعيت رهبري آينده نظام را از دست داده ايد... نامه و سخنراني هاي منافقين كه بوسيله شما از رسانه هاي گروهي به مردم مي رسيد، ضربات سنگيني به اسلام و انقلاب زد».